我院神經內科由我國著名神經病學專家慕容慎行教授于1971年創立，成立有福建省神經病學研究所，是福建醫科大學神經病學博士、碩士學位授予點，是集醫療、教學、科研于一體的國家臨床重點專科和福建省臨床重點專科，也是福建省神經醫學中心，2020年獲批國家神經疾病區域醫療中心。科室已形成以神經遺傳和神經免疫為突出特色的九大亞專業，常年為中華醫學會神經遺傳組長單位、中國醫師協會神經遺傳專委會組長單位、福建省醫學會神經病學分會掛靠單位。目前還是全國疑難病癥診治能力提升工程項目單位、全國罕見病協作網省級牽頭單位，中華醫學會罕見病分會委員單位、福建省醫學會罕見病分會掛靠單位；也是福建省神經系統疾病醫療質量控制中心與福建省罕見病醫療質量控制中心掛靠單位。
科室擁有高素質人才隊伍，其中有國家“萬人計劃”領軍人才、百千萬人才國家級人選、國家杰青、國家優青、國家海外優青及中國青年科技獎獲得者。承擔國家重點研發計劃課題、國家自然科學基金杰出青年基金、優秀青年基金、重點項目、區域聯合重點項目、面上及青年項目百余項，以及系列省級重大、重點科研項目。在NEJM、Nat Genet、BMJ、JAMA Neurol、Neuron、Cell Res、Cell Discov、Natl Sci Rev、Ann Neurol、Neurology等國際高水平期刊上發表學術論文300余篇；獲得包括福建省科技進步一等獎在內的30余項科研獎勵。科室連續多年在復旦版“年度最佳專科排行榜”中名列華東區前5名并獲全國提名，2022年實現突破，躋身全國十強，位列華東區第三。
（以上數據更新截至2023年6月30日）
