2007年，經公開征集、集體討論、院內公示等一系列程序，醫院確定了作為醫院視覺形象識別（VI）的院徽圖案。
醫院院徽為圓形，以中英文“福建醫科大學附屬第一醫院”、“ The First Affiliated Hospital of Fujian Medical University ”、縮寫字母FY、福建地圖、蛇杖、橄欖枝及1937等主元素構成，體現以下含義：
（1）整個標志點明了醫院名稱、突出醫院悠久歷史——建院時間為1937年。
（2）FY既是醫院院名縮寫，又形似白鴿；上方的蛇杖，點明醫療衛生行業特征；更如附一人的一雙手，守護人民的健康，托起生命的希望。
（3）地圖表明醫院立足福建，面向全國、走向世界的開闊眼界。
（4）藍綠色主體配以鴿形和橄欖枝，給人穩重、安祥之感，象征和諧、關愛和生命之樹常青。
