“自主創新，重點跨越，支撐發展，引領未來”是我國“十一五”科技工作的戰略方針；加強多種技術的綜合集成，重點攻克重大疾病防治和新藥創新的關鍵技術，突破重大災害和事故的防范和應急處理技術，提升人口健康的公共安全和城鎮化與城市發展等社會公益領域服務能力為衛生行業主要目標。幾年來，我院一直堅持以科技興院為目標，重視科研工作發展，抓住機遇，組織科技人員學習和領會“十一五”科技戰略思想和目標，充分發揮信息資源，立足橫向聯合，積極組織申報，迄今為止，已獲得國家重大合作課題兩項，重點合作課題一項。
國家重大合作課題兩項：1、我院副院長、福建省眼科研究所長、眼科學博導徐國興教授獲得與北京市眼科研究所等合作的“十一五”國家科技支撐計劃“現代服務共性技術支撐體系與應用示范工程”重大科研項目。2、福建醫科大學高血壓研究室副所長、我院心血管內科主任、內科學碩導林金秀教授獲得與北京埠外醫院等合作的“高血壓綜合防治研究”重大科研項目。
重點合作課題一項：我院神經內科主任醫師、碩士生導師吳鋼獲得與廣州中醫藥大學第二附屬醫院等合作的“重大疑難疾病中醫藥防治研究”重點科研項目，主要開展缺血中風辨證診斷規范和療效評價的示范研究。
此外，我院院長、外科學博導、林建華教授的“神經營養因子基因修飾的骨髓間質干細胞移植治療脊髓損傷”課題，榮獲2006年國家教育部博士學科專項科研基金資助；眼科學博導、徐國興教授的“巨噬細胞表面TOLL樣受體－4在真菌性角膜炎中的作用機制研究”課題，獲得省部共建－國家重點實驗室培育基地開放課題科研基金。上述課題的立項資助，標志著我院的醫療、科研躋身國家重大項目合作課題研究之列，這將推動我院醫療、教學、科研的整體發展。此外，我院院長、外科學博導、林建華教授的“神經營養因子基因修飾的骨髓間質干細胞移植治療脊髓損傷”課題，榮獲2006年國家教育部博士學科專項科研基金資助；眼科學博導、徐國興教授的“巨噬細胞表面TOLL樣受體－4在真菌性角膜炎中的作用機制研究”課題，獲得省部共建－國家重點實驗室培育基地開放課題科研基金。上述課題的立項資助，標志著我院的醫療、科研躋身國家重大項目合作課題研究之列，這將推動我院醫療、教學、科研的整體發展。
